Klub Pelikan Niechanowo szkolenie młodych piłkarzy zapoczątkował już w 2000 roku. Początkowo była to głównie miejscowa młodzież, która trenowała wraz z zespołem seniorskim. Wychowankowie systematycznie zasilali szeregi pierwszego zespołu. Wiosną 2012 roku, do rozgrywek WZPN została zgłoszona pierwsza drużyna młodzieżowa.

W 2019, w związku z dynamicznym rozwojem Klubu, Zarząd podjął decyzję o wyodrębnieniu w ramach struktur klubowych Akademii szkolącej dzieci i młodzież pod rozpoznawalną marką Pelikana Niechanowo. Zbiegło się to również w czasie z programem certyfikacji szkółek piłkarskich przez PZPN, gdzie zostaliśmy zakwalifikowani do certyfikatu brązowej gwiazdki. Niewątpliwie wyróżnia nas to spośród lokalnych szkółek.