Pelikan Niechanowo został oficjalnie zarejestrowany jako klub sportowy. W pierwszych latach funkcjonowania Klub był organizatorem festynów rekreacyjno-sportowych. Na turnieje zapraszane były zespoły z sąsiednich miejscowości, a działanie to miało na celu głównie integrację gminnej społeczności.

W 2000 roku z inicjatywy kilku osób powołano sekcję piłki nożnej. Na spotkaniu w niechanowskim Klubie Pracy ówczesny Poseł na Sejm RP Pan Tadeusz Tomaszewski poinformował, iż jest jedno wolne miejsce w rozgrywkach poznańskiej "B"- klasy. Niezwłocznie przystąpiono do prac nad spełnieniem wszystkich procedur, umożliwiających zgłoszenie zespołu do rozgrywek prowadzonych przez Wielkopolski Związek Piłki Nożnej. Klub z pomocą Pana Tadeusza Tomaszewskiego spełnił wszystkie podstawy organizacyjno - prawne i przystąpił do rozgrywek. Pierwszym trenerem w historii Pelikana został Pan Zdzisław Siudziński, pod wodzą którego zespół z Niechanowa grał przez dwa sezony. Później nastąpiła kilkuletnia "era" trenera Józefa Grobelnego. Po nim krótki epizod w Klubie zaliczył trener Andrzej Syruć, następnie kilkusezonową przygodę z Pelikanem miał trener Krzysztof Młodzieniak. Pod wodzą wyżej wymienionych trenerów Pelikan występując w rozgrywkach B-klasy grał ze zmiennym szczęściem, jeden sezon w czubie tabeli, jeden w jej dolnych strefach.

Kolejnym, ważnym etapem w historii "zielono-czarnego" Klubu było objęcie posady trenerów przez duet Robert Sytek - Robert Zamiar w 2010 roku, czyli w momencie obchodów 10-lecia sekcji piłkarskiej GLKS. Jak się okazało z perspektywy czasu zmiana ta była przełomowa i zapoczątkowała marsz Pelikana w górę piłkarskiej hierarchii klubów w Wielkopolsce.

Już w pierwszym sezonie pracy duetu trenerskiego Klub z "różanej gminy" wywalczył upragniony awans do A-klasy. Na tym poziomie rozgrywek występowaliśmy przez dwa sezony, uzyskując kolejny awans w 2013 roku do klasy okręgowej. Wtedy do klubu dołączył m.in. Jacek Owczarzak oraz Dawid Frąckowiak jako dyrektor sportowy, co przyniosło za sobą dynamiczny rozwój sportowy i organizacyjny Klubu. Nowym trenerem został Mariusz Bekas, a zespół uzyskał awans do IV ligi pozostawiając rywali daleko w tyle.

Pelikan szedł za ciosem i już w pierwszym sezonie gry w IV lidze, pod wodzą Mirosława Czuryło (jesień) oraz Ryszarda Łukasika (wiosna) uzyskał awans do III ligi, wyprzedzając drugi zespół w tabeli o 12 punktów. Występy na poziomie trzeciej ligi to także pasmo sukcesów i o mały włos wywalczony awans do baraży o II ligę. Pelikan trenowany przez Jerzego Cyraka, Sławomira Majaka i ponownie Jerzego Cyraka w lidze był gorszy tylko od Warty Poznań, przegrywając batalię o pierwsze miejsce w tabeli jedną bramką! Wśród działaczy i kibiców pozostał wielki niedosyt tym bardziej, że przed nami było widmo reorganizacji rozgrywek i zmniejszenia ilości grup III-cio ligowych o połowę. Niosło to za sobą wzrost poziomu sportowego (przynajmniej teoretycznie) oraz zwiększenie kosztów utrzymania Klubu. Z różnych powodów Zarząd Klubu podjął decyzję o nieprzystąpieniu do rozgrywek trzecioligowych, co z spowodowało regulaminowy spadek o dwie klasy do ligi okręgowej. W tym miejscu nie sposób nie wspomnieć o człowieku, który w Pelikanie jest również od samego początku, Panu Stanisławie Mazurku. Przez te wszystkie lata Pan Mazurek wspiera Klub nie tylko finansowo, ale również organizacyjnie, będąc też wieloletnim Prezesem. Można rzec człowiek - legenda w niechanowskim Klubie.

Jednak Pelikan to nie tylko drużyna seniorów. Bardzo ważnym ogniwem są drużyny młodzieżowe. Wiosną 2012 roku po połączeniu z gnieźnieńskim klubem KS TECHMET zgłoszona do rozgrywek WZPN została pierwsza drużyna młodzieżowa.

W dniu 21 lipca 2016 roku Zarząd w całości podał się do dymisji, a misję dalszego prowadzenia Klubu przejęły nowe osoby, wspierane wieloletnim doświadczeniem Pana Mazurka.

Przed nowym Zarządem, w XX lecie istnienia Klubu stało zadanie niejako stworzenia drużyny od nowa. Zmontowana "na szybko" drużyna trenowana przez Ireneusza Furmaniak niewiele zdziałała w lidze okręgowej. Już pod wodzą nowych/starych szkoleniowców Roberta Sytka i Roberta Zamiara spadła do A-klasy. Na tym poziomie ligowym, mimo, iż zespół nie doznał porażki zdecydowano o zmianach w sztabie szkoleniowym. Nowy trener Pelikana Aleksander Stachowiak miał za zadanie poprowadzić zespół do szybkiego powrotu na wyższy szczebel rozgrywek piłkarskich. Niestety szanse na osiągniecie awansu zostały już przekreślone na kilka kolejek przed końcem rozgrywek. W związku z tym funkcje trenera tymczasowego objął Andrzej Stefański, który rolę szkoleniowca łączył z grą w zespole seniorów. Przed rozpoczęciem sezonu 2018/2019 prowadzenie zespołu seniorów powierzono trenerowi Damianowi Łukasikowi. Doświadczony szkoleniowiec, legenda Kolejorza poprowadził zespół do trzeciego miejsca w tabeli. Tym samym zielono-czarni uzyskali promocję do Klasy Okręgowej. W sezonie 2019/2020 zespół poprowadzi ponownie Andrzej Stefański, tym razem już nie w roli szkoleniowca tymczasowego...

Pelikana od początku działalności wspiera Gmina Niechanowo, która w corocznym budżecie zapewnia środki na funkcjonowanie Klubu z ul. Brzozowej. Bardzo ważną rolę w historii odegrał były Wójt Gminy Pan Eugeniusz Zamiar, który wspierał poczynania władz klubowych. Gmina Niechanowo zainwestowała w ostatnich kilku latach także znaczne środki w modernizację obiektu na niechanowski "Plantach". Spełniając wymogi licencyjne powstało m.in. ogrodzenie boiska, trybuny z plastikowymi siedziskami. Od 2018, za sprawą projektu "Szatnia na medal" sukcesywnie remontowany jest budynek klubowy.

Dziś drużyny młodzieżowe Pelikana to cztery grupy. Klub zrzesza w tym momencie w zespołach młodzieżowych ok. 60 zawodników. Jest to na pewno jeden z ważniejszych aspektów obecnie funkcjonującego Klubu. Wiosną 2019 roku do rozgrywek młodzieżowych zgłoszono rekordową ilość czterech zespołów. W tym samym roku Pelikan otrzymał Certyfikat "Brązowej Gwiazdki" przyznawany szkółką piłkarskim przez Polski Związek Piłki Nożnej, który gwarantuje spełnienie standardów szkoleniowych, bezpieczeństwo oraz potwierdza kwalifikacje kadry szkoleniowej.

Pierwszym Prezesem Pelikana był Pan Stanisław Dolaciński, po nim kolejno funkcję tę sprawowali: Krzysztof Kurek, Szymon Robaszkiewicz, Tadeusz Tomaszewski, Radosław Pietrzak, Stanisław Mazurek, a obecnie Robert Prawniczak. Od wielu lat z Klubem związana jest także osoba Pana Jerzego Jastrzębskiego jako członka Zarządu oraz komisji rewizyjnej.